盡管系統軟件開發定制具有諸多優勢，但在實際開發過程中，企業和開發團隊也會面臨許多技術挑戰。

1. 需求變化：需求在項目進行過程中可能會發生變化，這會影響項目進度和預算。為應對這一挑戰，開發團隊需要采用敏捷開發方法，快速響應需求調整。

2. 技術兼容性：企業現有系統與新定制軟件之間的兼容性是一個重要問題。選擇具有經驗的開發團隊和先進的技術框架可以降低風險。

3. 安全性：定制軟件可能涉及敏感數據，確保其安全性是首要任務。使用加密技術和嚴格的權限管理機制是解決方案之一。

4. 項目管理：大規模的定制軟件開發項目需要良好的項目管理，否則容易失控。采用現代化的項目管理工具和方法，如Scrum和Kanban，可以提高項目效率。

通過有效應對這些技術挑戰，企業可以成功開發并部署定制化系統軟件，從而實現業務目標。